漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
演员：村瀬步 古川慎 大桥贤一郎 诹访部顺一 小西克幸 津田健次郎 小林优 樱井孝宏 绪方贤一 佐藤拓也 日笠阳子 中井和哉 内山昂辉 茅野爱衣 岛崎信长 冈本信彦 小野大辅 山路和弘
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演员：山下大辉 鸟海浩辅 福岛润 岸尾大辅 松冈祯丞 宫田幸季 诹访彩花 诹访部顺一 潘惠美 安元洋贵 森久保祥太郎 伊藤健太郎 代永翼 阿部敦 野岛健儿 宫野真守 前野智昭 吉野裕行 柿原彻也 日野聪
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